Bioinformática em Biomedicina
Código
10776
Unidade Orgânica
Faculdade de Ciências e Tecnologia
Departamento
Departamento de Ciências da Vida
Créditos
6.0
Professor responsável
João Manuel Gonçalves Couceiro Feio de Almeida
Horas semanais
3
Total de horas
52
Língua de ensino
Português
Objectivos
Familiarização com os principais conceitos correntes no domínio da Bioinformática.
Aquisição de um domínio crítico sobre a utilização das ferramentas atualmente de referência em Bioinformática.
Introdução ao conceito de protocolo eletrónico.
Pré-requisitos
Domínio dos conceitos básicos de Biologia Molecular e técnicas associadas. É igualmente necessário um domínio de conceitos muito básicos de Química e Biologia.
Familiaridade com a utilização de computadores pessoais correndo sistemas operativos da família Microsoft Windows ou outros para os quais estejam disponíveis versões compiladas das ferramentas usadas.
É recomendável experiência prévia em Bioinformática, mas o conteúdo é compatível com a sua ausência.
Domínio da língua Inglesa (escrito) para poder à totalidade da documentação de estudo.
Conteúdo
Bioinformática como paleta de ferramentas integrativas na investigação em Biomedicina.
Recursos informáticos como meio de extrair informação de novas sequências biológicas
Arquivamento digital de sequências e respetiva anotação: notação, formato, bases de dados.
Revisão dos principais tipos de algoritmos empregues na extração de informação a partir de sequências.
Revisão do conceito de alinhamento, sua natureza e aplicações.
Relevância da análise filogenética em Bioinformática.
Notação para domínios em sequências de aminoácidos: inferência de estrutura e função
Algoritmos para pesquisa rápida de sequências semelhantes em sede de base de dados.
Uso avançado de bases de dados públicas para investigação em Biologia: PubMed, INSDC, UniProt).
Apresentação dos sistemas integrados de recuperação e utilização de dados disponibilizados pelos grandes centros de Bioinformática.
Bibliografia
Pevsner, Jonathan. Bioinformatics and Functional Genomics. 2nd ed. Wiley-Blackwell, 2009.
Lesk A. Introduction to Bioinformatics (2nd Ed.).Oxford University Press, 2005, Oxford.
Orengo C., Jones D., Thornton J. Bioinformatics: Genes, Proteins and Computers. Advanced Text. BIOS Scientific Publishers Limited, 2003, Oxford.
Método de ensino
Os conceitos são apresentados em aula.
Materiais apresentados e de suporte ao estudo são disponibilizados através da WWW.
Nas sessões laboratoriais os alunos seguem protocolo de forma autónoma e são encorajados a praticar os mesmos também fora de aula.
São disponibilizados questionários de auto aferição através da plataforma Moodle.
A lecionação poderá ser feita em língua inglesa caso se justifique.
Método de avaliação
Items de Avaliação
Mini testes semanais >= 11 pcs
* 30%
* Possibilidade de grupos realizarem pequena monografia em substituição de dois mini testes.
Teste Individual – 1 pcs
* 30%
Outros
* Participação oral – 5%
* Autoavaliação – 5%
* Fator de ponderação de performance de grupo vs. individual – 30%
avg(teste_individual,avg(mini_testes))-(avg(mini_testes)- teste_individual)
* Exame final – 95% (+5%, autoavaliação)
Frequência
* De acordo com as regras aplicadas na F.C.T./U.N.L.