Bioinformática
Código
11011
Unidade Orgânica
Faculdade de Ciências e Tecnologia
Departamento
Departamento de Ciências da Vida
Créditos
6.0
Professor responsável
João Manuel Gonçalves Couceiro Feio de Almeida
Horas semanais
4
Total de horas
58
Língua de ensino
Português
Objectivos
Esta unidade curricular tem como objectivo geral apresentar aos discentes um panorama das ferramentas bio-informáticas disponíveis actualmente e do seu uso racional, entre estas são favorecidas aquelas cujo acesso é livre.
Pretende-se que os discentes adquiram competência na utilização destas ferramentas quer do ponto de vista do interface de utilização quer da adequação específica e limitações a elas associadas. As actividades abrangidas pelas ferramentas apresentadas são: a análise interna e comparativa de sequências biológicas, pesquisa e visualização de informação armazenada nas bases de dados públicas (primárias, secundárias, anotação genómica, etc).
Existe o cuidado de uniformizar previamente as competências informáticas gerais dos discentes para nivelar a capacidade individual de obter aproveitamento. Nesta uniformização são incluídos aspectos teóricos (evolução de sistemas informáticos, conceitos básicos de redes informáticas e sistemas de base de dados) e práticos (utilização de clientes do serviço WWW e métodos para armazenamento eficaz da informação afixada no ecran).
Pré-requisitos
Conhecimento das técnicas básicas de biologia molecular.
Conhecimentos gerais de bioquímica e biologia.
Alguma experiência na utilização de computadores tipo PC em ambiente Windows (Microsoft).
Domínio intermédio da língua inglesa, sobretudo para efeitos de leitura dos materiais de apoio.
Conteúdo
A bioinformática como área de suporte à moderna Biologia.
Os sistemas informáticos como ferramenta de trabalho.
As sequências biológicas como representação da informação contida em polímeros biológicos.
Formas de armazenar sequências e aceder às sequências armazenadas.
Algoritmos para extrair informação de sequências e implementações dos mesmos.
Alinhamento como operação de comparação entre sequências: semelhança vs. homologia.
Matrizes de Substituição.
Inferência de estrutura e função para sequências de aminoácidos.
Algoritmos de comparação rápida de sequências na pesquisa contra bases de dados.
Bases de dados públicas relevantes para a investigação em Biologia (PubMed, INSDC, UniProt).
Bibliografia
Pevsner, Jonathan. Bioinformatics and Functional Genomics. 2nd ed. Wiley-Blackwell, 2009.
Lesk A. Introduction to Bioinformatics (2nd Ed.).OxfordUniversity Press, 2005, Oxford. (ISBN 0 19 927787 7)
Orengo C., Jones D., Thornton J. Bioinformatics: Genes, Proteins and Computers. Advanced Text. BIOS Scientific Publishers Limited, 2003, Oxford. (ISBN 1 85996 054 5)
Claverie J.-M., Notredame, C. Bioinformatics for Dummies. Advanced Text. For Dummies, 2003, ?. (ISBN 0 76451 696 5)
Bergeron B. Bioinformatics Computing. PTR, Prentice Hall, 2003, New Jersey. (ISBN 0 13 100825 0)
Documentação dos recursos empregues disponível através da WWW.
Método de ensino
Aulas teóricas em que é exposta a matéria. Os materiais apresentados são subsequentemente disponibilizados através da WWW sob forma interactiva. As aulas práticas baseiam-se em protocolos disponibilizados através da WWW e que propõe ao aluno actividades que permitem aplicar e complementar os conhecimentos e competências adquiridos nas aulas teóricas.
Método de avaliação
Items de Avaliação
- Mini-teste semanal (submetido em grupo) - >=11 pcs
- 30%
- Os grupos podem optar por submeter um relatório escrito substituindo 2 destes testes.
- Teste (individual) - 1 pcs
- 30%
- Participação Oral & Empenho
- Participação oral – 5%
- Aferição de auto-avaliação – 5 %
- Aferição de performance individual vs. grupo – 30%
- média(testeIndividual,média(MiniTestes))-( média(MiniTestes)-testeIndividual)
- Exame – 95 % (+ 5 %, aferição de auto-avaliação)
Frequência
- Obtida pela frequência do mínimo de aulas requerido pelos regulamentos em vigor na Faculdade de Ciências e Tecnologia.
Teste Diagnóstico
- Avalia individualmente a aptidão dos alunos para frequentarem esta unidade de crédito com sucesso.