Computational Biology and Bioinformatics
Code
5863004
Academic unit
Instituto de Higiene e Medicina Tropical
Department
Unidade de Microbiologia Médica
Credits
4
Teacher in charge
João Pinto
Weekly hours
Aulas teóricas: 9 Horas (Total de Horas) Aulas práticas e laboratoriais: 17 Horas (Total de Horas) Seminários: 8 Horas (Total de Horas) Orientação tutorial: 4 Horas (Total de Horas).
Teaching language
Inglês e Português
Objectives
São objetivos desta UC, fornecer aos alunos conhecimentos, capacidades e competências para utilizar ferramentas Bioinformaticss e aplicações computacionais: 1.No estudo de sequências de DNA, de genes de interesse e de genomas 2.Na análise das propriedades, estrutura e função de proteínas 3.Na inferência das relações filogenéticas e evolutivas entre moléculas ou organismos 4.No estudo da variação e estrutura genética de populações humanas e de agentes infeciosos.
Prerequisites
Não se aplica.
Subject matter
Esta UC estará organizada em 4 blocos temáticos: 1. Análise de sequências e genomas a. Conceitos de genoma e análise genómica b. Bases de dados de genomas c. Sequenciação e alinhamento de sequências d. Mapeamento genético e. Deteção in silico de mutações e métodos de genotipagem 2. Análise de proteínas a. Conceitos de tradução e de estrutura proteica b. Bases de dados de proteínas c. Previsão de estrutura proteica d. Análise de função proteica e. Proteómica, transcriptómica e metabolómica: conceitos e aplicações 3. Análise filogenética a. Conceitos de evolução molecular b. Métodos de reconstrução filogenética c. Testes de modelos de evolução d. Testes de pressão seletiva e. Análise de relógios moleculares f. Filogeografia 4. Soluções informáticas para genética populacional a. Conceitos de genética populacional b. Marcadores moleculares para estudos populacionais c. Bases de dados genotípicos d. Aplicações informáticas para análises de genética populacional.
Bibliography
Claverie J-M, Notredame C. 2007. Bioinformatics for dummies, 2nd Ed. Wiley Publishing. 436p. Lemey P, Salemi M, Vandamme A-M. 2009. The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to Phylogenetic Analysis and Hypothesis Testing, 2nd Ed. Cambridge University Press. 750p. Li W-H. 1997. Molecular Evolution. Sinauer Associates. 432p. Hartl DL, Clark AG. 2007. Principles of Population Genetics, 4th Ed. Sinauer Associates. 545p.
Teaching method
Esta UC utilizará os seguintes elementos e métodos de ensino: 1. Aulas teóricas (método expositivo) 2. Aulas práticas (método demonstrativo) 3. Seminários (método ativo)
Evaluation method
A avaliação dos alunos terá duas componentes: 1. O desempenho dos alunos no seminário 2. O desempenho dos alunos num exame escrito. Em cada componente, os alunos serão classificados com uma nota de 0-20 valores. A classificação final será atribuída com base na seguinte fórmula: (nota do seminário x 0,4) + (nota do exame x 0,6) A avaliação do curso será efetuada por intermédio do inquérito padrão do IHMT para avaliação da satisfação dos alunos.