Genómica e Evolução Molecular
Código
10717
Unidade Orgânica
Faculdade de Ciências e Tecnologia
Departamento
Departamento de Ciências da Vida
Créditos
3.0
Professor responsável
José Paulo Nunes de Sousa Sampaio
Horas semanais
4
Total de horas
38
Língua de ensino
Português
Objectivos
Compreender os mecanismos básicos da evolução molecular. Conhecer os aspectos essenciais relacionados com o arquivo e obtenção, em bases de dados públicas, de sequências nucleotídicas. Conhecer os fundamentos das novas tecnologias de sequenciação de genomas e as etapas básicas de montagem e análise de dados de genomas completos sob diferentes perspectivas - genómica populacional, genómica comparativa e genómica funcional.
Pré-requisitos
Conhecimentos básicos de Genética Molecular e de Evolução.
Dado esta UC fazer parte do elenco de UCs do Bloco Livre FCT alunos sem aqueles conhecimentos básicos são aceites no entendimento de que o estudo em autonomia da bibliografia de base indicada é realizado ANTES de cada aula (especialmente antes das Aula 1 e 2).
Conteúdo
1. A evolução biológica – definições e mecanismos. A teoria neutral de evolução molecular.
2. Alteração das frequências alélicas em função do tempo. Modelos de substituições nucleotídicas. Análise de polimorfismos de DNA. Teoria coalescente
3. Evolução à escala molecular: adaptação e “balancing slection” e relógios moleculares.
4. Organização e evolução de genomas. Duplicações de genes e de genomas. Conceitos gerais e duplicação do genoma da levedura Saccharomyces cerevisiae.
5. Genómica comparativa e funcional. As diversas tecnologias de sequenciação de segunda geração. Identificação e descoberta de genes, de sequências regulatórias e de relações fenótipo/genótipo através da comparação de genomas. Identificação de eventos de transferência horizontal de genes (HGT).
Bibliografia
Vandamme, AM. 2009. Basic concepts of molecular evolution. In “The Phylogenetic Handbook”, Cambridge Univ Press
Descent with modification (Reading the story of DNA, L Bromham, 2008)
Método de ensino
As aulas teóricas clássicas de tipo expositivo são em número reduzido O estudo em autonomia é fortemente encorajado e determinante para a aprovação. A bibliografia (capítulos de livros ou artigos) é indicada antecipadamente e tem de ser consultada, estudada e assimilada antes das sessões presenciais com o docente. Privilegiam-se as sessões de discussão após o estudo em autonomia sendo a participação activa dos alunos monitorizada e avaliada. Nas sessões teórico-práticas são discutidos e resolvidos exercícios de aplicação dos conceitos abordados anteriormente. Dependendo do numero de alunos e da disponibilidade de meios serão realizadas sessões “hands-on” com computador.
Método de avaliação
A obtenção de frequência à Unidade Curricular é condição necessária para obter aprovação, ou seja, o número de faltas às aulas teórico-práticas não pode exceder 1/3 do número total de aulas teórico-práticas. Obter Frequência A avaliação consiste na realização de dois mini-testes na 4ª e 7ª semanas de aulas. Cada mini-teste é realizado individualmente e sem consulta e tem a duração de 45 min. Não é estabelecida nota mínima para os mini-testes. O segundo mini-teste incide preferencialmente sobre a matéria leccionada na segunda parte da UC. A nota final corresponde à média aritmética dos mini-testes. Para aprovação a nota mínima é 10. A frequência às aulas é fortemente encorajada e obrigatória no caso das aulas teórico-práticas.