Epidemiologia Molecular do Vírus da Imunodeficiência Humana - VIH

Código

21220

Unidade Orgânica

NOVA Medical School | Faculdade de Ciências Médicas

Departamento

Virologia Médica

Créditos

6

Professor responsável

Prof. Doutor Ricardo Manuel Soares Parreira

Língua de ensino

Português

Objectivos

1. Reconhecimento de quais os mecanismos geradores de variabilidade genética dos VIH e suas consequências fenotípicas, com implicações do ponto de vista prático (ex.: no diagnóstico, monitorização de carga viral, e terapêutica);

2. Reconhecimento de como as características genéticas do VIH podem servir de marcadores epidemiológicos, permitindo seguir a evolução da pandemia no espaço e no tempo;

3. Demostração de capacidade de execução, compressão, e análise crítica de resultados decorrentes da utilização de múltiplas abordagens experimentais para a caracterização genética das estirpes virais circulantes;

4. Utilização de algoritmos para identificação de polimorfismos nos genes da protéase (PR) e transcriptase reversa (RT) virais associados a falência terapêutica e interpretação crítica dos resultados obtidos;

5. Aquisição de competências básicas em reconstrução de filogenias e caracterização genética de sequências virais, incluindo a identificação de vírus recombinantes.

Pré-requisitos

n/a

 

Conteúdo

1. Variação genética e epidemiologia molecular dos vírus da imunodeficiência humana;

2. Monitorização da infeção por VIH e testes de suscetibilidade aos anti-retrovirais (genotípicos e fenotípicos);

3. Pesquisa automatizada de mutações de resistência aos antirretrovirais através da análise de sequências nucleotídicas da PR e RT virais;

4. Análise da diversidade genética de VIH1 por recurso ao HMA (Heteroduplex Mobility Assay);

5. Preparação de DNA proviral de VIH1 a partir de amostras de sangue seco imobilizadas em cartões FTA e sua amplificação por nestedPCR;

6. Clonagem molecular dos fragmentos de amplificação obtidos (incluindo ligação a um vetor, a transformação de células bacterianas competentes, a purificação/análise de DNA plasmídico);

7. Análise de sequências nucleotídicas de VIH1 utilizando múltiplas ferramentas do domínio da filogenia molecular, incluindo a construção de árvores filogenéticas e análises de bootscanning.

 

Bibliografia

1. Hemelaar, J. (2012). The origin and diversity of the HIV1 pandemic. Trends Mol Med. 18(3), 18292.

2. Tebit, D.M., & Arts, E.J. (2011). Tracking a century of global expansion and evolution of HIV to drive

understanding and to combat disease. Lancet Infect Dis. 11(1), 4556.

3. Taylor, B.S., Sobieszczyk, M.E., McCutchan, F.E., & Hammer, S.M. (2008). The challenge of HIV1

Subtype diversity. N Engl J Med. 358(15), 1590602.

4. Skar, H., Hedskog, C., & Albert, J. (2011). HIV1 evolution in relation to molecular epidemiology and

antiretroviral resistance. Ann N Y Acad Sci., 1230, 10818.

5. Paraskevis, D., Paredes, R., Poljak, M., Schmit, J.C., Soriano, V., Walter, H., Sönnerborg, A.; & European HIV Drug Resistance Guidelines Panel (2011). European recommendations for the clinical use of HIV drug resistance testing: 2011 update. AIDS Rev., 13(2), 77108.

 

Método de ensino

As aulas teóricas/teórico-práticas serão lecionadas recorrendo ao auxílio de metodologias expositivas usando apresentações de slides de tipo Powerpoint (ou qualquer outro formato digital à escolha). As aulas práticas decorrerão em ambiente laboratorial de tipo BSL1 (nível de biossegurança básico, não restritivo), ou versarão sobre a utilização de ferramentas do domínio da bioinformática, em salas equipadas com computadores individuais, e fazendo uso de aplicações informáticas de uso não restrito (freeware).

Método de avaliação

A avaliação desta UC inclui 3 componentes: avaliação contínua (10% da classificação final), avaliação formal/teórica sob a forma de um exame escrito (50% da classificação final), e apresentação de um seminário com a duração entre 20 e 30 minutos (40% da classificação final).

Cursos

• Mestrado em Microbiologia Médica