Epidemiologia Molecular do Vírus da Imunodeficiência Humana - VIH
Código
21220
Unidade Orgânica
NOVA Medical School | Faculdade de Ciências Médicas
Departamento
Virologia Médica
Créditos
6
Professor responsável
Prof. Doutor Ricardo Manuel Soares Parreira
Língua de ensino
Português
Objectivos
1. Reconhecimento de quais os mecanismos geradores de variabilidade genética dos VIH e suas consequências fenotípicas, com implicações do ponto de vista prático (ex.: no diagnóstico, monitorização de carga viral, e terapêutica).
2. Reconhecimento de como as características genéticas do VIH podem servir de marcadores epidemiológicos, permitindo seguir a evolução da pandemia no espaço e no tempo.
3. Demostração de capacidade de execução, compressão, e análise crítica de resultados decorrentes da utilização de múltiplas abordagens experimentais para a caracterização genética das estirpes virais circulantes.
4. Utilização de algoritmos para identificação de polimorfismos nos genes da protéase (PR) e transcriptase reversa (RT) virais associados a falência terapêutica e interpretação crítica dos resultados obtidos.
5. Aquisição de competências básicas em reconstrução de filogenias e caracterização genética de sequências virais, incluindo a identificação de vírus recombinantes.
Pré-requisitos
n/a
Conteúdo
1. Variação genética e epidemiologia molecular dos vírus da imunodeficiência humana.
2. Monitorização da infeção por VIH e testes de suscetibilidade aos anti-retrovirais (genotípicos e fenotípicos).
3. Pesquisa automatizada de mutações de resistência aos antirretrovirais através da análise de sequências nucleotídicas da PR e RT virais.
4. Análise da diversidade genética de VIH1 por recurso ao HMA (Heteroduplex Mobility Assay).
5. Preparação de DNA proviral de VIH1 a partir de amostras de sangue seco imobilizadas em cartões FTA e sua amplificação por nestedPCR.
6. Clonagem molecular dos fragmentos de amplificação obtidos (incluindo ligação a um vetor, a transformação de células bacterianas competentes, a purificação/análise de DNA plasmídico).
7. Análise de sequências nucleotídicas de VIH1 utilizando múltiplas ferramentas do domínio da filogenia molecular, incluindo a construção de árvores filogenéticas e análises de bootscanning.
Bibliografia
1. Hemelaar, J. (2012). The origin and diversity of the HIV1 pandemic. Trends Mol Med. 18(3), 18292.
2. Tebit, D.M., & Arts, E.J. (2011). Tracking a century of global expansion and evolution of HIV to drive
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3. Taylor, B.S., Sobieszczyk, M.E., McCutchan, F.E., & Hammer, S.M. (2008). The challenge of HIV1
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4. Skar, H., Hedskog, C., & Albert, J. (2011). HIV1 evolution in relation to molecular epidemiology and
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5. Paraskevis, D., Paredes, R., Poljak, M., Schmit, J.C., Soriano, V., Walter, H., Sönnerborg, A.; & European HIV Drug Resistance Guidelines Panel (2011). European recommendations for the clinical use of HIV drug resistance testing: 2011 update. AIDS Rev., 13(2), 77108.
Método de ensino
A metodologia expositiva, intercalada com a utilização exploratória, durante a aula, de ferramentas informáticas, em associação a uma forte componente de aulas laboratoriais, permitirá aos alunos que frequentarão esta UC a oportunidade de integrar a aquisição de conhecimentos teóricos com a execução de protocolos experimentais, estimulando a análise crítica dos resultados obtidos, e a exploração das potencialidades das análises in silico. Esta combinação de metodologias tem como objetivos a (i) transmissão de conceitos teóricos, (ii) permitir a aprendizagem dirigida à resolução de situações práticas, e (iii) demonstrar a utilidade das ferramentas informáticas no domínio da epidemiologia molecular e caracterização genética de vírus, por via da análise das suas sequências genómicas. Esta última normalmente revelasse uma abordagem nova para a maioria dos alunos. Com esta combinação de abordagens, os alunos são estimulados à utilização das múltiplas ferramentas colocadas à sua disposição, as quais permitem, adicionalmente, uma consolidação duradoura (tanto quanto possível) das temáticas abordadas numa componente mais teórica. Todas estas abordagens são complementadas com o encorajamento dos estudantes à análise objetiva e crítica de um tema novo, não abordado por qualquer das componentes acima mencionadas (seminário), promovendo a comunicação oral de informação científica.
Método de avaliação
As aulas teóricas/teórico-práticas serão lecionadas recorrendo ao auxílio de metodologias expositivas usando apresentações de slides de tipo Powerpoint. As aulas práticas decorrerão em ambiente laboratorial de tipo BSL1 (nível de biossegurança básico, não restritivo), ou versarão sobre a utilização de ferramentas do domínio da bioinformática, em salas equipadas com computadores individuais, e fazendo uso de aplicações informáticas de uso não restrito (freeware). A avaliação desta UC inclui 3 componentes: avaliação contínua (10% da classificação final), avaliação formal/teórica sob a forma de um exame escrito (50% da classificação final), e apresentação de um seminário com a duração entre 20 e 30 minutos (40% da classificação final).