O Mestrado em Microbiologia Médica tem como objectivo geral formar especialistas, numa perspectiva global e multidisciplinar, com formação teórica e prática, sólida e integrada na área da Microbiologia. Nomeadamente com o conhecimento avançado da genética, da fisiologia e da bioquímica dos microrganismos patogénicos (ou outros, e.g. organismos modelo) para o Homem, os modos de transmissão dos microrganismos, a epidemiologia das doenças infecciosas, e os métodos para a sua prevenção. São adquiridas competências para a aplicação de tecnologias de diagnóstico laboratorial mais avançadas, para a investigação científica e para o controlo e certificação de qualidade de laboratórios de Microbiologia.

Saídas profissionais: A formação avançada em Microbiologia Médica permitirá o acesso a um desenvolvimento científico-tecnológico mais avançado correspondente ao 3.º ciclo (Doutoramento). 
Pode, igualmente, facultar o acesso a áreas de investigação e desenvolvimento (I&D) em sectores de saúde pública nacional ou europeia nomeadamente em:

• Centros médicos e hospitalares
• Laboratórios clínicos e veterinários
• Saúde pública
• Laboratórios de investigação nas áreas da Microbiologia

Condições de acesso:

1. Titulares do grau de licenciado ou equivalente legal em licenciaturas das áreas de Medicina, Medicina Veterinária, Biologia, Farmácia e outras áreas afins (a avaliar pela comissão científica do curso).
2. Titulares de um grau académico superior estrangeiro conferido na sequência de um 1º ciclo de estudos organizado, naquelas áreas, de acordo com os princípios do Processo de Bolonha por um Estado aderente a este Processo;
3.  Titulares de um grau académico superior estrangeiro, naquelas áreas, que seja reconhecido como satisfazendo os objectivos do grau de licenciado pelo Conselho Científico da Faculdade de Ciências e Tecnologia;
4. Detentores de um currículo escolar, científico ou profissional, que seja reconhecido como atestando capacidade para realização deste ciclo de estudos pelo Conselho Científico da Faculdade de Ciências e Tecnologia.

Critérios de seriação dos candidatos:

1. Classificação da licenciatura ou de outros graus já obtidos pelo candidato;
2. Currículo académico, científico e técnico -profissional;
3. Desempenho prévio em área específica do curso e aptidão e interesse para a realização de estudos nas áreas de aplicação do mesmo;
4. Resultado de eventual entrevista.