Epidemiologia Molecular do VIH
Código
5573015
Unidade Orgânica
Instituto de Higiene e Medicina Tropical
Créditos
6
Professor responsável
Prof. Ricardo Parreira
Horas semanais
T: 4 TP: 5 PL: 26 TC: 0 S: 4 OT: 4 O: 0
Língua de ensino
Português
Objectivos
Esta Unidade Curricular (UC), de cariz essencialmente prático, tem por objectivo geral dar a conhecer aspectos múltiplos que se prendem com a elevada variabilidade genética dos vírus da imunodeficiência humana, e suas consequências, por exemplo, na eficácia dos métodos de diagnóstico, monitorização de carga viral, bem como na terapêutica dos indivíduos infectados. Os alunos que frequentarem esta UC deverão ser capazes de executar, compreender, analisar e criticar os resultados decorrentes da utilização de múltiplas abordagens experimentais disponíveis para a caracterização genética das estirpes virais circulantes, esperando-se que, no final da mesma, sejam capazes de reconhecer as potencialidades e limitações de cada uma delas. Estas incluirão a amplificação parcial de segmentos do genoma viral e a sua clonagem molecular, a análise de sequências nucleotídicas de VIH, nomeadamente no que diz respeito à utilização e interpretação de algoritmos múltiplos para identificação de polimorfismos nos genes da protease (PR) e transcriptase reversa (RT) virais associados a falência terapêutica, a caracterização genética de sequências virais através da reconstrução de filogenias, ou a identificação de vírus cujos genomas combinam componentes genéticas de origens distintas (vírus recombinantes).
Pré-requisitos
Nenhum
Conteúdo
As presentações teóricas serão subordinadas aos temas i) variação genética e epidemiologia molecular dos vírus da imunodeficiência humana, e ii) monitorização da infecção por VIH e testes de susceptibilidade aos anti-retrovirais (genotípicos e fenotípicos). As aulas práticas incluirão a preparação de DNA proviral de VIH-1 a partir de amostras de sangue seco imobilizadas em cartões FTA® e sua amplificação por nested-PCR, a clonagem molecular dos fragmentos de amplificação obtidos (incluindo ligação a um vector, a transformação de células bacterianas competentes, a purificação de DNA plasmídico e a identificação de moléculas recombinantes) e a análise de sequências nucleotídicas de VIH-1 utilizando múltiplas ferramentas do domínio da bioinformática. Estas abordagem incluirá i) a avaliação da diversidade genética de sequências da protease e transcriptase reversa virais de VIH-1,ii) a sua caracterização através de recriação de filogenias, e iii) a caracterização de sequências recombinantes. Adicionalmente, a vertente teórico-prática desta UC contemplará a pesquisa automatizada de mutações de resistência aos anti-retrovirais através da análise de sequências nucleotídicas da PR e RT virais e a genotipagem e análise da diversidade genética de VIH-1 por recurso ao HMA (Heteroduplex Mobility Assay).
Bibliografia
1. Gilbert MT, Rambaut A, Wlasiuk G, Spira TJ, Pitchenik AE, Worobey M. 2007. The emergence of HIV/AIDS in the Americas and beyond. Proc Natl Acad Sci U S A. 2007 Nov 20;104(47):18566-70. 2. Thomson MM, Nájera R. 2005. Molecular epidemiology of HIV-1 variants in the global AIDS pandemic: an update. AIDS Rev. 2005 Oct-Dec;7(4):210-24. 3. Taylor BS, Sobieszczyk ME, McCutchan FE, Hammer SM. 2008. The challenge of HIV-1 subtype diversity. N Engl J Med. 2008 Apr 10;358(15):1590-602. 4. Skar H, Hedskog C, Albert J (2011). HIV-1 evolution in relation to molecular epidemiology and antiretroviral resistance. Ann N Y Acad Sci., 1230:108-18. 5. Paraskevis D, Paredes R, Poljak M, Schmit JC, Soriano V, Walter H, Sönnerborg A; European HIV Drug Resistance Guidelines Panel (2011). European recommendations for the clinical use of HIV drug resistance testing: 2011 update. AIDS Rev., 13(2):77-108.
Método de ensino
Exposições teóricas/teórico-práticas serão levadas a cabo com o auxílio de apresentações em formato Powerpoint. As aulas práticas decorrerão em ambiente laboratorial (BSL-1), ou versarão sobre a utilização de ferramentas do domínio da bioinformática.
Método de avaliação
A avaliação desta UC inclui 3 componentes: avaliação contínua (10% da classificação final), formal/teórica que dependerá da realização de um exame escrito (50% da classificação final), e apresentação de um seminário com a duração entre 20 e 30 minutos (40% da classificação final).